Berakhirnya era Orde Baru yang ditandai dengan pengunduran diri mantan Presiden Soeharto pada tanggal 21 Mei 1998 membuka cakrawala baru bagi penyelesaian kasus Timor Timur. Dalam rapat kabinet pemerintahan transisi Habibie pada tanggal 9 Juni 1998 diputuskan pemberian status khusus dengan otonomi luas. Pemberian status ini dianggap sebagai suatu bentuk penyelesaian akhir yang adil, menyeluruh, dan dapat diterima secara internasional. Tawaran ini mendapat sambutan positif dari Portugal maupun PBB. Hal ini tercermin dari berlangsungnya kembali pertemuan dialog segitiga tingkat menteri di New York pada tanggal 4-5 Agustus 1998.

Namun kebijakan Indonesia ini disambut secara skeptis oleh Presiden CNRT, Xanana Gusmao. Xanana melihat bahwa referendum tetap merupakan menyelesaikan akhir yang adil dan demoratis bagi masa depan Timor Timur.

Menuju Jajak Pendapat Timor Timur

Pertemuan Dare

Kemudian pada tanggal 14 September 1998, atas prakarsa Uskup Ximenes Belo dan Uskup Basilio diadakan rekonsiliasi antara kelompok prointegrasi dan prokemerdekaan di Dare, sekitar 30 km sebelah selatan Dili. Peristiwa ini diikuti dengan dialog melalui forum AIETD (All Inclusive East Timorese Dialogue) ke-4 di Krumbach, Austria pada tanggal 31 Oktober – 3 November 1998. Pertemuan ini juga melibatkan kelompok prokemerdekaan. Pada tanggal 27 Januari 1999, Menteri Luar Negeri Ali Alatas mengatakan bahwa jika status khusus dengan otonomi luas ditolak oleh masyarakat Timor Timur, maka pemerintah Indonesia akan meminta para wakil rakyat hasil Pemilu 1999 untuk mempertimbangkan kemungkinan pelepasan Timor Timur melalui sidang Umum MPR 1999. Pernyataan ini dikeluarkan setelah Sidang Kabinet Terbatas Bidang Politik dan Keamanan yang dipimpin oleh Presiden Habibie.

UNAMET

Setelah munculnya dua opsi dari Presiden Habibie upaya perdamaian dan rekonsiliasi meningkat pesat. Akan tetapi, perkembangan konflik semakin keras dan tak terkendali. Akhir pada tanggal 5 Mei 1999, Pemerintah Indonesia, Portugal dan PBB menyetujui kesepakatan untuk menyelesaikan kasus Timor Timur lewat jajak pendapat. Pada tanggal 11 Juni 1999, Dewan keamanan PBB membentuk misi perdamaian untuk Timor Timur atau UNAMET. Misi ini sebagai pelaksana jajak pendapat.

Pelaksanaan Jajak Pendapat

Pada tanggal 30 Agustus 1999 diadakanlah pelaksanaan jajak pendapat bagi warga Timor Timur di seluruh dunia. Hasil jajak pendapat diumumkan Sekretaris Jenderal PBB di markas PBB di New York pada tanggal 4 September 1999. Kubu pro kemerdekaan meraih 78,5% suara, dan pro-integrasi otonomi meraih 21,5%.

Di hadapan DPR Presiden Habibie memberikan penjelasan tentang pemberian opsi merdeka atau otonomi kepada rakyat Timor Timur. Tindakan itu dilakukan agar keinginan untuk menyelesaikan kasus Timor Timur segera terlaksana secara tuntas. Dengan adanya jajak pendapat ini, Indonesia akan terbebaskan dari semua tekanan internasional. Terhadap kebijaksanaan Habibie ini muncul berbagai pandangan yang pro dan kontra.

TAP MPR No. V/MPR/1999

Akhirnya, pada tanggal 19 Oktober 1999, MPR menetapkan Ketetapan MPR No. V/MPR/1999 yang berisi pengakuan atas hasil pelaksanaan penentuan jajak pendapat di Timor Timur yang diadakan pada tanggal 30 Agustus 1999 oleh PBB.