Genotipe Dengan Urutan Generasi Berikutnya

Dalam posting blog sebelumnya, kita berbicara tentang teknik yang tersedia untuk genotipe (Genotyping: Dari qPCR ke microarrays dan sekuensing NGS) serta diskusi tentang kapan harus memilih microarray, kapan sekuensing generasi berikutnya dan kapan harus menggabungkan kedua teknik (Microarrays atau sequencing? Bagaimana memilih?). Sekarang kita menyajikan genotipe dengan sekuensing Illumina.

Pengurutan generasi berikutnya, dengan sendirinya, memungkinkan akses ke genotipe satu atau lebih organisme biologis, dan pada waktu yang tepat, metode yang menggambarkan variasi genetik di dalamnya beragam.

Pilihan metode untuk genotipe dengan sekuensing membutuhkan mengetahui apa yang ingin Anda capai atau mengetahui melalui eksperimen. Berikut adalah 3 esai yang paling umum:

  1. Di satu sisi, sekuensing genom dan eksom lengkap ( sekuensing seluruh genom / sekuensing seluruh eksom ) memungkinkan penemuan varian yang terkait dengan fitur kompleks atau poligenik. Kedua metode memungkinkan korelasi genotipe-fenotipe dilakukan seperti dalam studi GWAS (Genome Wide Association Studies ) yang memungkinkan deskripsi hubungan genotipe dengan penyakit langka atau kompleks.
  2. Di sisi lain, Genotyping by sequencing ( Genotyping-By-Sequencing – GBS ) dengan metode sequencing bertarget ( target sequencing ) adalah opsi performa tinggi yang paling ampuh dan hemat biaya untuk menemukan, memvalidasi, dan mendeteksi gen pada gen tertentu. rute dan/atau untuk kelanjutan dan pemantauan studi GWAS. Ini, karena memungkinkan pemfokusan pada gen dan / atau wilayah genom yang menarik, yang mengurangi jumlah informasi studi. Jenis uji GBS ini biasanya dikombinasikan dengan genotipe oleh microarrays untuk karakterisasi populasi organisme yang besar.
  3. Akhirnya, sebagian besar uji microarray sedang dimigrasikan ke aplikasi dalam transkriptomik melalui RNA-seq dari messenger RNA (mRNA) yang memungkinkan memperoleh gambaran yang lebih luas dari profil ekspresi genetik. Karena kekuatan resolusi yang ditawarkan oleh RNA-seq, menjadi mungkin tidak hanya deteksi tetapi juga penemuan transkrip baru atau varian yang tidak diketahui.

Pada alat berikut ini Anda dapat mengetahui panel pengurutan terarah yang sudah dirancang dan siap digunakan:

Sequencing Assay Designer

  1. Daftarkan akun di DesignStudio (gratis)
  2. Pilih Mulai Desain Baru
  3. Pilih jenis asam nukleat
  4. Pilih teknologi yang ingin Anda jelajahi
  5. Pilih spesies yang diminati
  6. Sebutkan dan jelaskan desain panel Anda
  7. Pilih jenis sampel (reguler, FPPE, cfDNA)
  8. Klik Berikutnya
  9. Di tab Gen , tambahkan nama atau nama gen atau gen yang diminati
  10. Minta desain akhir – Kirim desain
  11. Tunggu alat untuk menghitung parameter cakupan
  12. Dengan desain Anda, minta proposal investasi