Teknologi pengurutan DNA telah ada sejak tahun 1970-an. Pada awalnya, penggunaannya mahal, rumit, dan terkadang bahkan berbahaya (dalam kasus teknik lama dengan probe radioaktif). Seperti semua yang ada di Sains, tahun demi tahun evolusi teknologi memberi jalan bagi pengembangan pengurutan dengan sintesis , fondasi saat ini dari pengurutan generasi berikutnya Illumina.
Gambar 1. Mikroba genomik dengan Illumina. Video dan Seminar. Tersedia dalam: Genomik Mikroba
Saat ini, 90% publikasi dengan metode pengurutan melaporkan penggunaan teknologi ini, menyoroti dampaknya karena kinerja besar dalam jumlah sampel dan jumlah data. Di bidang Mikrobiologi, substitusi teknik tradisional menjadi mungkin, karena ada begitu banyak aplikasi dan ruang lingkup yang dimiliki oleh sekuensing NGS, sehingga memungkinkan untuk membedakan Genomik Mikroba dengan disiplin yang diturunkan dan difokuskan pada genomik. metode untuk mempelajari komunitas mikroba. Selanjutnya, pelajari tentang aplikasi dan ruang lingkup yang dimiliki teknologi ini dalam Mikrobiologi.
- Identifikasi mikroba
- Keanekaragaman mikroba
- Evolusi mikroba
- Resistensi antimikroba
- Mikrobioma (manusia, hewan)
- Mikrobioma (lingkungan)
- Pemantauan wabah dan penyakit
- Keamanan makanan
Dalam aplikasi ini, metode yang paling umum adalah sekuensing genom lengkap yang biasanya melibatkan sub-metode : 1. Resequencing (perakitan kembali sekuens menggunakan genom referensi) atau 2. Sequencing de novo (perakitan lengkap genom baru tanpa referensi sebelumnya) . Teknik paling umum yang biasanya digunakan untuk tujuan ini adalah: 16S sequencing (microbiomes) dan shotgun sequencing (metagenomics), yang akan kita bicarakan di blog mendatang.
Dalam platform pengurutan Illumina, sistem benchtop memiliki kemampuan yang membedakannya untuk studi komunitas mikroba. Di sini Anda dapat melihat perbandingan di antara mereka:
Jika Anda menganggap konten ini berharga bagi Anda, kita sarankan Anda membagikannya dan mengikuti entri berikutnya dari Blog Analitik kita tentang teknik pengurutan 16S dan senapan .