Perbedaan yang jelas dari mereka, pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom yaitu dalam pengurutan senapan hierarkis, genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar sebelum pengurutan sementara, dalam pengurutan senapan seluruh genom, seluruh genom dipecah menjadi fragmen kecil untuk pengurutan. Pengurutan adalah teknik penting dalam proses molekuler, terutama dalam identifikasi spesies yang akurat.
Faktanya, ini adalah teknik mengidentifikasi urutan nukleotida yang tepat dalam gen atau genom. Ada banyak teknik untuk mengurutkan.
Beberapa di antaranya adalah Metode Maxam Gilbert, Metode Sanger, dan metode Sanger otomatis.
ISI
- Ikhtisar dan Perbedaan Utama 2. Apa itu Pengurutan Shotgun Hirarkis3.
Apa itu Pengurutan Senapan Genom Utuh4. Kesamaan Antara Pengurutan Shotgun Hirarkis dan Genom Utuh5.
Berdampingan Perbandingan putra – Pengurutan Shotgun Hierarkis & Genom Utuh dalam Bentuk Tabular 6. Ringkasan
Pengertian Sequencing Shotgun Hirarkis?
Pengurutan Shotgun hierarkis, merupakan istilah yang mengacu pada salah satu metode pengurutan.
Ini juga disebut ‘pengurutan top-down’. Selanjutnya, metode ini terdiri dari dua langkah: langkah pertama adalah amplifikasi genom, dan langkah kedua adalah fragmentasi genom.
Dalam metode ini, genom dipotong menjadi fragmen besar terlebih dahulu. Ini diikuti dengan kloning fragmen besar ini ke berbagai inang menggunakan vektor atau kromosom buatan.
Kemudian, vektor rekombinan ini disusun menjadi sebuah perpustakaan. Selama pengurutan senapan, klon vektor rekombinan menjalani pengurutan secara individual.
Fragmen dalam klon mengalami pencernaan restriksi untuk lebih mengurangi ukuran genom, sehingga menjalani pengurutan. Selama pengurutan shotgun hierarkis, potongan besar fragmen harus diatur secara berurutan, sebelum pengurutan shotgun.
Itu terjadi dengan bantuan penanda molekuler yang digabungkan selama proses kloning. Pengurutan senapan hierarkis membuat peta gen beresolusi rendah.
Tapi itu menciptakan peta urutan yang teratur. Dengan demikian, dibutuhkan durasi yang lebih lama daripada pengurutan langsung.
Seluruh proses tertunda karena pembuatan pustaka vektor rekombinan. Apakah itu juga merupakan teknik padat karya.
Namun, saat ini, teknik tersebut diotomatisasi untuk memudahkan pekerjaan.
Pengertian Pengurutan Senapan Genom Utuh?
Pengurutan senapan seluruh genom, merupakan istilah yang mengacu pada proses pengurutan satu langkah. Dalam proses ini, pemotongan seluruh genom terjadi terlebih dahulu.
Setelah itu, masing-masing fragmen kecil ini mengalami pengurutan secara acak. Setelah selesai pengurutan, analisis urutan dilakukan.
Selama analisis urutan, urutan yang tumpang tindih dihilangkan, dan analisis bukanlah proses yang teratur. Oleh karena itu, perakitan urutan adalah proses yang kurang efisien dibandingkan dengan pengurutan senapan hierarkis.
Namun, proses pengurutan shotgun seluruh genom lebih cepat, dan analisis seluruh genom dapat dilakukan dalam satu contoh.
Apa Persamaan Antara Pengurutan Shotgun Hirarkis dan Genom Utuh?
- Pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom, merupakan istilah yang mengacu pada dua pendekatan pengurutan.
- Keduanya menjalani metode pengurutan Sanger atau pengurutan Sanger otomatis.
- Mereka terlibat dalam pengurutan fragmen DNA dan RNA.
- Selain itu, kedua metode tersebut penting dalam diagnostik molekuler dan tujuan penelitian.
- Saat ini, kedua teknik tersebut bersifat otomatis atau berbasis komputer.
- Kedua teknik mengandalkan fragmentasi genom.
Apa Perbedaan Antara Pengurutan Shotgun Hirarkis dan Genom Utuh?
Pengurutan senapan hierarkis menghasilkan fragmen berukuran lebih besar dibandingkan dengan pengurutan senapan seluruh genom, yang bekerja dengan fragmen kecil dari urutan. Jadi, ini, merupakan istilah yang mengacu pada perbedaan utama antara pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom.
Selain itu, pengurutan senapan hierarkis terdiri dari dua langkah utama, sedangkan pengurutan senapan seluruh genom bergantung pada satu langkah utama. Selain itu, perbedaan lain antara sekuensing shotgun hierarkis dan seluruh genom adalah resolusinya lebih tinggi pada sekuensing shotgun seluruh genom dibandingkan dengan sekuensing shotgun hierarkis.
Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom. 
Ringkasan – Pengurutan Shotgun Hirarkis & Genom Utuh
Sequencing shotgun hierarkis dan seluruh genom, merupakan istilah yang mengacu pada dua teknik untuk mengurutkan genom besar.
Urutan senapan hierarkis adalah proses pengurutan dua langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar. Sebaliknya, pengurutan shotgun seluruh genom adalah pengurutan satu langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen kecil dan diurutkan secara langsung.
Jadi, ini adalah perbedaan utama antara pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, aspek teknis dapat bervariasi di antara kedua teknik tersebut.
Referensi:
- Waterston, Robert H, dkk.
“Tentang Pengurutan Genom Manusia.” Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat, National Academy of Sciences, 19 Maret 2002, Tersedia di sini. 2.
Sobat, Sial. “Pengurutan Genom.” LinkedIn SlideShare, 4 November 2014, Tersedia di sini.
Kesopanan Gambar:
- “Pengurutan senapan seluruh genom versus pengurutan senapan hierarkis” Oleh Commins, J., Toft, C., Fares, MA – “Metode Biologi Komputasi dan Penerapannya pada Genomik Komparatif dari Bakteri Simbiotik Endoseluler Serangga.” Biol.
Prosedur Daring (2009).
Diakses melalui SpringerImages (CC BY-SA 2.5) melalui Commons Wikimedia