Agrogenomik didefinisikan sebagai penerapan Genomics dan teknologinya di bidang pertanian, peternakan, perikanan budidaya, kehutanan dan bidang terkait lainnya, dan yang memanfaatkan pengetahuan dan alat-alat dari bidang lain seperti Biologi Sel, Biologi Molekuler, Genetika, Bioteknologi dan Bioinformatika.
Menjadi bidang interdisipliner, Agrogenómica berusaha untuk memecahkan kebutuhan untuk menghasilkan makanan bagi manusia melalui identifikasi, karakterisasi dan eksploitasi potensi sumber daya genetik, sambil mencari kelanjutannya melalui perlindungan dan promosi ekosistem dan keanekaragaman hayati yang terkait dengannya.
Pada waktu yang tepat, pengenalan sekuensing generasi berikutnya menjadi inti dari kemajuan ilmiah di bidang ini, karena saat ini aplikasinya berlipat ganda dan telah diterjemahkan ke dalam penemuan sifat genetik yang menarik, dalam skema kesehatan dan keamanan pangan dan program perbaikan genetik.
Berikut adalah aplikasi pengurutan NGS dalam Agrogenomik :
- Karakterisasi dan pemantauan varian genetik
Genotyping dengan microarrays (array genotyping)
Genotipe dengan pengurutan ( GBS)
- Penemuan sifat kompleks (asosiasi genotipe-fenotipe)
Studi asosiasi genetik (Studi Asosiasi Genome-Wide)
- Program pemuliaan
Pemilihan berbantuan penanda ( Pilihan berbantuan penanda)
Seleksi genom (Seleksi genom)
- Urutan genom lengkap (bakteri, jamur, virus/tanaman, hewan)
Genom kecil penuh (pengurutan seluruh genom kecil)
Genom besar penuh (pengurutan seluruh genom besar, perakitan novo)
- Ekologi dan mikrobiologi
Karakterisasi struktur genetik populasi (population genomics)
Karakterisasi mikrobioma, viroma dan resistoma ( genomik mikroba dan metagenomik )
- Kesehatan dan keselamatan
Pemantauan penyakit ( Profil penyakit dan surveilans patogen )
Keamanan Pangan (Food Safety)