Genotyping atau genotyping memungkinkan kita untuk mengeksplorasi varian genetik seperti polimorfisme nukleotida tunggal dan perubahan struktural pada DNA. Sebaliknya, teknologi berkinerja tinggi seperti microarrays dan sekuensing generasi berikutnya telah memungkinkan pemahaman yang lebih dalam tentang hubungan antara genotipe dan fenotipe dalam organisme biologis yang berbeda (asosiasi: gen dan sifat kompleks, gen dan penyakit).
Kemudian, mengetahui dua karakteristik ini, muncul pertanyaan jutaan dolar, bagaimana memilih antara microarray dan pengurutan untuk mengembangkan studi saya secara efisien?
Secara umum, jawabannya terletak pada tujuan tes yang ingin Anda lakukan.
Karena perbedaan utama antara kedua teknik adalah daya pisah, pengurutan generasi berikutnya memungkinkan upaya pemfokusan untuk menemukan varian genetik baru sementara microarray memungkinkan penyelesaian deteksi dan pemantauan varian yang sudah diketahui dan dipelajari.
Saat ini, metode berbasis microarray memungkinkan menganalisis dan mendeteksi daerah genom yang mungkin terkait dengan fitur fenotipik yang menarik. Namun, dengan pengurangan biaya sekuensing berkelanjutan, baik teknik maupun kombinasi dalam pengujian juga memerlukan pendeteksian varian yang diketahui, varian penemuan baru yang terkait dengan sifat kompleks seperti dalam pengujian asosiasi genotipe-fenotipe ( studi luas genom ).
Gambar 1 – Siklus penemuan dan deteksi varian. Illumina 2019
Jadi, jika tujuan yang diinginkan adalah untuk mendeteksi dan memantau sejumlah varian yang diketahui dalam sejumlah besar sampel yang tersedia, maka microarray untuk genotipe adalah teknik yang paling hemat biaya yang tersedia. Sebaliknya, jika yang diinginkan adalah menginterogasi sejumlah besar varian seperti SNP, indels, transkrip berekspresi rendah atau frekuensi rendah dengan kapasitas tinggi untuk penemuan, pengurutan generasi berikutnya adalah penyelesaian opsi yang paling layak dan utama. kekuasaan
Berikut adalah alat online gratis yang memungkinkan Anda mempelajari tentang kit Illumina yang diperlukan untuk metode pengurutan dan microarray dalam berbagai aplikasi.
Persiapan Perpustakaan dan Pemilih Kit Array
- Pilih area aplikasi Anda
- Pilih aplikasi yang diminati
- Pilih metode pengurutan atau microarray
- Pilih spesies yang diminati (opsional)
- Pilih platform pengurutan atau microarray (opsional)